Đến ngày 1 tháng 6 năm 1941, toàn bộ các quốc gia Albania, Nam Tư và Hy Lạp đã nằm dưới quyền kiểm soát của phe Phát xít. Hy Lạp bị đặt dưới quyền thống trị của 3 quốc gia, còn Nam Tư cũng bị phân chia và chiếm đóng. Đức đã giành được lợi thế quan trọng về chiến lược: mở ra con đường trực tiếp tiến ra Địa Trung Hải. Bộ tư lệnh tối cao Đồng Minh lo ngại rằng Crete và Hy Lạp sẽ trở thành "bàn đạp" để Đức tấn công xâm lược Ai Cập hay đảo Síp thuộc Anh. Tuy nhiên, mọi kế hoạch cho một cuộc xâm lược quy mô lớn tại Ai Cập và vùng Palestine đều bị bỏ qua khi chiến dịch Barbarossa bắt đầu vào ngày 22 tháng 6 năm 1941.

Cuộc kháng chiến

Trong suốt thời gian còn lại của chiến tranh, hoạt động của kháng chiến quân Nam Tư, Hy Lạp, và Albania đã buộc Đức và các đồng minh phải đồn trú hàng trăm nghìn quân thường trực tại 3 quốc gia này, mà không thể đưa họ đến tham chiến tại các mặt trận khác. Đặc biệt tại Nam Tư từ sau năm 1943, mối đe doạ từ cuộc tiến công của Đồng Minh và các hoạt động du kích đã buộc Đức phải tiến hành các hoạt động chống bạo loạn lớn với quy mô nhiều sư đoàn, trong đó bao gồm cả các đơn vị xe tăng (Panzer) và bộ binh sơn chiến (Gebirgsjäger) tinh nhuệ.

Chiến dịch Dodecanese

Chiến dịch Dodecanese là xung đột chủ yếu xảy ra sau sự đầu hàng của Ý năm 1943 khi mà Anh và Đức đua nhau tìm cách lấp chỗ trống chiếm đóng của Ý tại quần đảo có giá trị chiến lược quan trọng Dodecanese. Người Đức đã nhanh chóng thành công khi tước khí giới của quân đồn trú Ý tại đảo Rhodes, nhưng người Anh lại thắng trong việc chiếm giữ các đảo Samos, Leros và Kos. Tuy nhiên, Đức đã nhanh chóng mở một cuộc tấn công trên không và bằng hải quân, cùng với các lực lượng đặc biệt, và chiếm lại được quần đảo.

Kết thúc sự chiếm đóng và những hệ quả sau chiến tranh

Quân Đức đã tiếp quản những vùng lãnh thổ chiếm đóng của Ý tại Balkans sau khi phát xít Ý đầu hàng tháng 9 năm 1943. Người Đức sau đó đã rút khỏi Albania và Hy Lạp trong năm 1944. Nam Tư được giải phóng hoàn toàn vào cuối cuộc chiến, trong năm 1945. Tại Hy Lạp, những phe phái đối nghịch trong lực lượng kháng chiến đã tiến hành một cuộc nội chiến sau khi quân Đức bỏ đi. Tại Albania và Nam Tư, các lực lượng kháng chiến Cộng sản đã nên nắm chính quyền sau khi chiến tranh kết thúc.